Longtemps moins bien protégés que les salariés en cas d'arrêt maladie, les travailleurs indépendants et les auto-entrepreneurs bénéficient depuis la suppression du Régime Social des Indépendants (RSI) en 2018 d'une couverture alignée sur celle du régime général. Le principe est le même : un arrêt de travail prescrit par un médecin ouvre droit à des indemnités journalières. Mais le mode de calcul, basé sur des revenus professionnels souvent irréguliers, obéit à des règles spécifiques qu'il est essentiel de connaître pour ne pas être pris au dépourvu en cas de maladie. Ce guide détaille, en 2026, le fonctionnement complet de ce dispositif.
Le rattachement au régime général depuis 2020
Depuis le 1er janvier 2020, les travailleurs indépendants (artisans, commerçants, professions libérales non réglementées) ne dépendent plus d'une caisse spécifique mais sont directement rattachés à l'Assurance Maladie du régime général, via l'Urssaf pour la collecte des cotisations. Cette réforme a permis d'harmoniser progressivement les droits, notamment en matière d'indemnités journalières, tout en conservant certaines spécificités de calcul liées à la nature des revenus des indépendants. Cette évolution a mis fin à des années de critiques adressées à l'ancien régime social des indépendants, souvent pointé du doigt pour ses dysfonctionnements administratifs et ses délais de traitement jugés excessifs par de nombreux assurés indépendants avant sa suppression définitive.
Les professions libérales réglementées relevant de la Caisse Nationale d'Assurance Vieillesse des Professions Libérales (CNAVPL) et de ses sections professionnelles (médecins, avocats, experts comptables, notaires, architectes, etc.) conservent en revanche des régimes de prévoyance propres à chaque caisse, souvent gérés par des contrats de prévoyance obligatoires distincts du régime général, avec des règles et des montants qui peuvent différer sensiblement de ce guide.
Pourquoi cette protection reste différente de celle des salariés
Même après l'harmonisation progressive des règles depuis 2020, la logique de financement de la protection sociale des indépendants reste fondamentalement différente de celle des salariés. Un salarié cotise sur un salaire versé mensuellement et régulièrement par un employeur, ce qui permet un calcul simple et rapide basé sur les trois derniers mois. Un indépendant, en revanche, perçoit un revenu professionnel dont le montant n'est connu avec certitude qu'à la clôture de l'exercice comptable, souvent plusieurs mois après la fin de l'année concernée. C'est cette contrainte structurelle qui explique le recours à une moyenne sur 3 années pleines plutôt que sur les derniers mois, afin de lisser les à-coups de trésorerie et les variations saisonnières propres à de nombreuses activités indépendantes (bâtiment, tourisme, commerce de proximité).
Les conditions pour bénéficier des indemnités journalières
Pour ouvrir droit aux indemnités journalières en tant qu'indépendant ou auto-entrepreneur, plusieurs conditions cumulatives doivent être remplies :
- Être affilié à l'Assurance Maladie en tant que travailleur indépendant depuis au moins 1 an à la date de l'arrêt de travail ;
- Avoir un revenu d'activité (ou un chiffre d'affaires pour les auto-entrepreneurs, après application de l'abattement forfaitaire pour frais professionnels correspondant à l'activité) au moins égal à un seuil minimal, fixé à environ 10% du plafond annuel de la Sécurité sociale, soit environ 4 700 euros de revenu annuel en 2026 ;
- Être à jour de ses cotisations sociales obligatoires au moment de l'arrêt (un défaut de paiement peut entraîner un rejet ou une suspension du droit) ;
- Produire un arrêt de travail prescrit par un médecin, transmis dans les mêmes conditions et délais que pour un salarié (48 heures).
Si le revenu d'activité est inférieur au seuil minimal requis, aucune indemnité journalière n'est versée, ce qui concerne notamment de nombreux auto-entrepreneurs à très faible chiffre d'affaires, en particulier ceux qui exercent leur activité en complément d'un autre statut.
Comparaison avec le régime des salariés
Les différences entre le calcul des indemnités journalières d'un salarié et celui d'un indépendant sont significatives et méritent d'être clarifiées, tant les deux régimes obéissent à des logiques distinctes :
| Critère | Salarié | Indépendant ou auto-entrepreneur |
|---|---|---|
| Base de calcul | Salaire brut des 3 derniers mois | Revenu d'activité moyen des 3 dernières années |
| Délai de carence | 3 jours | 3 jours (depuis le 1er juillet 2021) |
| Maintien de salaire employeur | Oui, selon ancienneté et convention collective | Non, aucun maintien (pas d'employeur) |
| Durée maximale (maladie ordinaire) | 360 jours sur 3 ans | 360 jours sur 3 ans |
| Ancienneté minimale requise | Aucune condition d'ancienneté stricte | 1 an d'affiliation minimum |
Exemple chiffré pas à pas pour un auto-entrepreneur
Prenons le cas d'un auto-entrepreneur exerçant une activité de prestations de services (relevant donc d'un abattement forfaitaire de 50%), ayant déclaré les chiffres d'affaires suivants sur les 3 dernières années : 24 000 euros, 28 000 euros et 32 000 euros.
- Chiffre d'affaires moyen sur 3 ans : (24 000 + 28 000 + 32 000) / 3 = 28 000 euros ;
- Application de l'abattement forfaitaire de 50% : revenu retenu = 14 000 euros ;
- Indemnité journalière = 14 000 / 730 = environ 19,18 euros brut par jour ;
- Après un arrêt de 30 jours (avec 3 jours de carence non indemnisés), l'indemnisation porte sur 27 jours, soit environ 518 euros brut au total, avant prélèvements sociaux.
Cet exemple illustre concrètement pourquoi l'abattement forfaitaire réduit sensiblement le montant final par rapport au chiffre d'affaires brut affiché, un point souvent source d'incompréhension chez les auto-entrepreneurs découvrant leur premier arrêt de travail.
Le cas d'une activité récente de moins de 3 ans
Lorsque l'activité indépendante a débuté depuis moins de 3 ans, le calcul du revenu moyen s'effectue uniquement sur les années réellement écoulées depuis le début de l'activité, ce qui peut désavantager les indépendants en phase de développement, dont les premiers revenus sont souvent plus faibles que ceux des années suivantes. Un indépendant en première année d'activité, n'ayant donc aucune année de référence complète, peut ainsi se voir appliquer un revenu moyen très faible, voire se retrouver sous le seuil d'ouverture des droits si son activité démarre lentement.
Le délai de carence : un régime harmonisé depuis 2021
Depuis le 1er juillet 2021, le délai de carence applicable aux travailleurs indépendants a été harmonisé et réduit à 3 jours pour un arrêt de travail classique, aligné sur celui des salariés (il était auparavant de 3 jours pour une hospitalisation mais de 7 jours pour un arrêt de travail simple, avant d'être ramené uniformément à 3 jours). Ce délai de carence ne s'applique qu'une seule fois par période de 3 ans en cas d'arrêts successifs liés à la même Affection de Longue Durée.
Le calcul du montant de l'indemnité journalière
Le calcul du montant de l'indemnité journalière pour un travailleur indépendant repose sur le revenu d'activité annuel moyen des 3 dernières années civiles précédant l'arrêt de travail (et non sur les 3 derniers mois comme pour les salariés, ce qui lisse davantage les variations de revenus d'une année sur l'autre, fréquentes chez les indépendants).
Le montant journalier correspond à 1/730e du revenu d'activité annuel moyen, plafonné au Plafond Annuel de la Sécurité Sociale (PASS), fixé à environ 47 100 euros en 2026.
| Revenu annuel moyen (3 dernières années) | Indemnité journalière brute (2026, estimation) |
|---|---|
| 5 000 € (proche du seuil minimum) | environ 6,85 € |
| 20 000 € | environ 27,40 € |
| 35 000 € | environ 47,95 € |
| 47 100 € et plus (plafond PASS) | environ 64,50 € |
Montants indicatifs, calculés sur la base d'un PASS 2026 estimé à 47 100 euros. Un montant plancher est également garanti pour les revenus modestes dépassant le seuil d'ouverture des droits, afin d'éviter des indemnités journalières trop faibles pour assurer un revenu minimal pendant l'arrêt.
Le cas particulier des auto-entrepreneurs
Pour un auto-entrepreneur (micro-entrepreneur), le revenu d'activité pris en compte n'est pas le chiffre d'affaires brut déclaré, mais ce chiffre d'affaires après application d'un abattement forfaitaire pour frais professionnels, dont le taux varie selon la nature de l'activité exercée :
- 71% d'abattement pour les activités de vente de marchandises et de fourniture de logement ;
- 50% d'abattement pour les activités de prestations de services commerciales ou artisanales ;
- 34% d'abattement pour les activités libérales relevant des BNC (bénéfices non commerciaux).
Concrètement, un auto-entrepreneur en prestations de services ayant déclaré 30 000 euros de chiffre d'affaires sur une année verra un revenu retenu de 15 000 euros (après abattement de 50%) pour le calcul de son indemnité journalière, et non les 30 000 euros bruts. Cette règle est essentielle à comprendre car elle explique pourquoi de nombreux auto-entrepreneurs sont surpris par le montant, parfois plus faible qu'anticipé, de leurs indemnités journalières.
La durée maximale de versement
Comme pour les salariés, la durée maximale de versement des indemnités journalières pour maladie ordinaire est fixée à 360 jours sur une période de 3 années consécutives. En cas d'Affection de Longue Durée reconnue, cette durée est portée à 3 ans continus, avec les mêmes règles d'exonération du nouveau délai de carence pour les arrêts successifs liés à cette même ALD. Au delà de cette durée maximale, si l'état de santé ne permet toujours pas la reprise d'une activité, l'indépendant peut, comme un salarié, engager une demande de reconnaissance d'invalidité auprès de sa CPAM, selon les mêmes règles de calcul basées sur ses revenus professionnels moyens des meilleures années de sa carrière.
Les démarches à accomplir
- Transmettre les volets 1 et 2 de l'arrêt de travail à votre CPAM de rattachement dans les 48 heures suivant la prescription, comme pour un salarié ;
- Déclarer vos revenus d'activité des 3 dernières années auprès de l'Assurance Maladie si cette information n'est pas déjà transmise automatiquement par l'Urssaf (une attestation de revenus peut être demandée) ;
- Poursuivre, le cas échéant, la déclaration de votre chiffre d'affaires (pour un auto-entrepreneur) pendant la durée de l'arrêt, cette obligation déclarative auprès de l'Urssaf n'étant pas suspendue par l'arrêt de travail lui même ;
- Suivre l'état de votre dossier et le versement de vos indemnités via votre espace personnel ameli.fr.
Le rôle de l'Urssaf dans le suivi du dossier
Contrairement à un salarié dont l'ensemble des données sociales transite par un seul employeur, un indépendant doit s'assurer que ses revenus sont correctement transmis entre l'Urssaf, qui collecte les cotisations et centralise les revenus déclarés, et l'Assurance Maladie, qui calcule et verse les indemnités journalières sur cette base. Un décalage ou une erreur de transmission entre ces deux organismes peut retarder significativement le versement des indemnités. Il est donc recommandé, en cas d'arrêt de travail prolongé, de vérifier régulièrement son espace personnel Urssaf autant que son espace ameli.fr, et de signaler sans tarder toute anomalie de revenus déclarés qui pourrait fausser le calcul de l'indemnité journalière.
Un niveau de couverture souvent jugé insuffisant
Même avec l'harmonisation des règles depuis 2020, de nombreux travailleurs indépendants et auto-entrepreneurs se retrouvent avec des indemnités journalières relativement faibles, en particulier lorsque leur activité est récente (moins de 3 ans, ce qui réduit la moyenne de revenus prise en compte) ou lorsque leurs revenus sont irréguliers d'une année sur l'autre. Contrairement à un salarié, un indépendant ne bénéficie généralement d'aucun maintien de rémunération complémentaire de la part d'un employeur, puisqu'il n'en a pas.
C'est pour cette raison que la souscription d'un contrat de prévoyance complémentaire (souvent appelé contrat Madelin pour les indépendants hors auto-entrepreneurs, ou simple contrat de prévoyance individuelle pour les micro-entrepreneurs) est fortement recommandée. Ces contrats permettent de percevoir une indemnité journalière complémentaire, négociée à la souscription, venant s'ajouter à celle versée par l'Assurance Maladie, avec des franchises et des plafonds variables selon les garanties choisies. Les cotisations versées dans le cadre d'un contrat Madelin bénéficient par ailleurs d'une déductibilité fiscale du revenu professionnel imposable, sous certaines conditions et plafonds.
Avant de souscrire un tel contrat, il est recommandé de comparer plusieurs offres sur trois critères essentiels : le délai de franchise proposé (durée pendant laquelle aucune indemnité complémentaire n'est versée après le début de l'arrêt, souvent de 30, 60 ou 90 jours selon les contrats), le montant de l'indemnité journalière garantie, et la durée maximale de versement en cas d'arrêt prolongé ou d'invalidité. Un délai de franchise court est particulièrement utile pour les indépendants dont l'activité ne génère aucun revenu de remplacement pendant les premières semaines d'arrêt.
Le cas des dirigeants assimilés salariés
Les dirigeants de société relevant du régime assimilé salarié (présidents de SAS ou de SASU notamment) ne relèvent pas du régime des travailleurs indépendants décrit ici, mais du régime général des salariés pour leur couverture maladie, avec un calcul des indemnités journalières basé sur leur rémunération des 3 derniers mois, comme pour un salarié classique, à condition de percevoir une rémunération soumise à cotisations sociales.
Foire aux questions sur les IJ des indépendants
Un gérant majoritaire de SARL a-t-il droit aux indemnités journalières comme un indépendant classique ?
Oui, le gérant majoritaire de SARL relève du statut de travailleur non salarié (TNS) et suit donc les règles décrites dans ce guide, avec un calcul basé sur ses revenus professionnels des 3 dernières années déclarés à l'Urssaf.
Dois-je continuer à payer mes cotisations sociales pendant mon arrêt de travail ?
Oui, contrairement à un salarié dont les cotisations sont suspendues ou prises en charge différemment pendant un arrêt, un indépendant reste redevable de ses cotisations sociales calculées sur la base de ses revenus, sauf demande spécifique d'échelonnement auprès de l'Urssaf en cas de difficulté financière liée à l'arrêt prolongé.
Que se passe-t-il si je n'ai pas encore déclaré mes revenus de l'année précédente au moment de l'arrêt ?
La CPAM utilise les revenus déjà connus et déclarés à l'Urssaf. En l'absence de déclaration récente, une régularisation du montant des indemnités peut intervenir ultérieurement, à la hausse ou à la baisse, une fois la déclaration de revenus effectivement transmise.
Un contrat Madelin est-il obligatoire pour un indépendant ?
Non, il s'agit d'une démarche volontaire. Il n'existe aucune obligation de souscrire une prévoyance complémentaire, mais l'absence de maintien de salaire par un employeur rend cette souscription particulièrement recommandée pour sécuriser ses revenus en cas d'arrêt prolongé.
Puis-je toucher des indemnités journalières si je cumule un statut d'auto-entrepreneur avec un emploi salarié par ailleurs ?
Dans ce cas, c'est votre situation la plus favorable qui s'applique en priorité, ou un cumul des deux calculs selon les revenus déclarés au titre de chaque activité. La CPAM examine alors l'ensemble de vos revenus professionnels déclarés, salariés et indépendants, pour déterminer le régime et le montant d'indemnisation le plus adapté à votre situation globale.
Ce qu'il faut retenir
Depuis le rattachement au régime général en 2020 et l'harmonisation du délai de carence en 2021, les travailleurs indépendants et auto-entrepreneurs bénéficient d'une couverture maladie proche de celle des salariés, avec un délai de carence identique de 3 jours. Le calcul du montant reste toutefois spécifique, basé sur la moyenne des revenus professionnels des 3 dernières années (après abattement forfaitaire pour les auto-entrepreneurs), ce qui peut aboutir à des indemnités modestes en cas d'activité récente ou de revenus irréguliers. Une prévoyance complémentaire reste, dans ce contexte, un complément important à envisager pour sécuriser ses revenus en cas d'arrêt de travail prolongé. Anticiper cette protection avant même la survenue d'un problème de santé demeure la meilleure garantie pour éviter une perte de revenus brutale, un risque auquel les indépendants restent structurellement plus exposés que les salariés malgré les progrès réglementaires de ces dernières années.
Sources : Assurance Maladie (ameli.fr), Urssaf, service-public.fr, Code de la sécurité sociale (articles L622-1 et suivants).
